菌根にはその形態から複数の種類が知られています。そのうち最も昔に進化したタイプが「アーバスキュラー菌根（内生菌根）」で菌糸が根の内部に入り込んでつながります。水の中から地上に進出した植物の祖先が、栄養分や水分を得るためにこの関係を作ったと考えられています。一方、外生菌根を作る菌は、植物の根を菌糸がとり巻くように覆います。それはよく「靴下」に例えられます。外生菌根のもうひとつの特徴は、きのこを作ること。アーバスキュラー菌根を作る菌は靴下もきのこも作りません。どちらの菌と合体するかは、植物の種類によってだいたい決まっていて、森や林のタイプも菌根と関わってくるのです。
